Ο Γιάννης Μαργαρίτης είναι σκηνοθέτης. Δείγμα της δουλειάς του στο θέατρο είναι οι παραστάσεις Ο Γενικός Γραμματεύς (2012), Ο Γυάλινος Κόσμος (2018), Ιφιγένεια η εν Ταύροις (2007), Το μαργαριτάρι του κόσμου (2018).